关于婚内女方出轨并怀孕，与男方协议离婚，女方答应给男方协议精神损失费五万元的情况，法院会根据实际情况和相关法律规定进行判决。
出轨行为在婚姻关系中是不被认可的，会对婚姻关系造成破坏，可能导致夫妻感情的破裂，如果双方已经决定离婚，那么法院会依据婚姻法规定，对双方的财产分割、抚养子女等问题进行裁决。
关于女方答应给男方的五万元精神损失费的问题，这需要结合实际情况和相关证据来判断，如果男方能够提供证据证明女方确实存在出轨行为，并且因此给自己带来了精神上的损失，那么法院可能会支持男方的要求，具体的判决数额还需要根据双方的财产状况、婚姻期间的贡献、家庭责任履行情况等因素进行综合考虑。
法院在判决时还会考虑到孩子的利益和保护，如果女方怀孕并决定保留孩子，法院在裁决时会充分考虑到孩子的权益，包括孩子的抚养、教育等问题，在判决精神损失费时，法院也会充分考虑到这些因素。
法院会根据双方的实际情况和相关法律规定进行判决，如果双方能够达成协议并自愿履行，那么法院可能会尊重双方的意愿并作出相应的裁决，如果双方无法达成协议或者存在争议，法院会根据相关证据和法律规定进行裁决，以保障双方的合法权益和孩子的利益。
需要注意的是，具体情况还需结合当地的法律法规和相关判例进行判断，建议双方咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。