针对被告因工资及赔偿问题在持有公司公章期间自行拟造赔偿合同并向法院提起诉讼的情况，公司应当采取以下应诉措施：
1、仔细研究被告提出的赔偿合同内容和诉讼请求，了解被告主张的具体内容和法律依据。
2、针对被告的诉讼请求，准备相关证据材料和法律文件，包括公司相关规章制度、工资支付记录、劳动合同等，以证明公司按照法律规定和合同约定履行了相关义务。
3、聘请专业律师团队进行代理，协助公司应对诉讼过程中的法律问题和证据材料。
4、在诉讼过程中，积极向法院说明公司的立场和观点，同时尊重法院裁决，遵守法律程序。
5、如果合同确实存在问题，公司也应该积极与被告协商解决，寻求双方都能接受的解决方案，避免诉讼进一步升级。
公司应该积极应对此类诉讼，保护自身合法权益，同时遵守法律程序和规定。